循环水冲洗厕所的水源取自于粪尿经过处理后获得的洁净水，有以下两种方式。

① 尿液单独处理

这种类型的生态厕所单独收集尿液，加入一种药剂去除异味后，回用于冲洗厕所。粪便被搅碎后变成纸浆状的东西，干燥后制成肥料还田，也可以作为普通垃圾进行填埋处理。国内蓝洁士生态厕所就是这种类型。日本也有类似的处理装置，它是通过特殊设计的粪尿分离装置完成粪尿的分离。尿液通过微生物作用，脱除氨氮和其它异味气体回用于冲厕，粪便采用生物处理后外运。

② 粪尿混合处理

这种类型是目前国内生态厕所的主流产品。通过环境工程的手段,利用微生物的新陈代谢作用和物理化学作用，完成对粪尿污染物的降解，终转化为CO2 和水排入环境，同时再生出清洁的水供冲洗厕所使用或直接排放进入环境。