斑点叉尾鮰体型较长，体前部宽于后部，头较小，吻稍尖，口亚端位，体表光滑无鳞，粘液丰富，侧线完全，皮肤上有明显的侧线孔。头部上下颌具有深灰色触须4对，其中鼻须1对，颌须1对，颐须2对，长短各异，以颌须为长，末端超过胸鳍基部，鼻须短。鳃孔较大，鳃膜不连于峡部，颐部有较明显而不规则的斑点，体重大于0.5公斤的个体斑点消失。具有脂鳍一个，尾鳍分叉较深，各鳍均为深灰色。体两侧背部淡灰色，腹部乳白色，幼鱼体两侧有明显而不规则的斑点，成鱼斑点逐步不明显或消失。